Wer für das Webhosting einen eigenen Server einsetzt, steht vor der Frage, ob für das Management dieses Servers eine Control Panel Software eingesetzt werden soll, oder sich der Administrator komplett auf seine Fähigkeiten in der Shell verlässt. Beide Methoden haben Vor- und Nachteile.

Ein Vorteil des Control Panel ist, dass der Zugriff auf den Server über den Browser erfolgt. Wer seinen Webhosting Server öfter von fremden Rechnern aus administrieren will, muss dafür nicht ständig irgendwelche Software installieren. Das ist vor allem jetzt aktuell, da die Zahl von Tablets immer weiter steigt, mit denen der Admin per Browser problemlos auf den Server zugreifen kann. Auf einem solchen Tablet lässt sich aber nicht jede beliebige Software installieren. Zudem liefert das Control Panel dem Administrator zahlreiche nützliche Statistiken über den Webhosting Server, die man per Kommandozeile zwar auch bekommen kann, allerdings sind sie dort nicht so übersichtlich dargestellt.

Die Vorteile der Kommandozeile liegen vor allem bei der Sicherheit. Auf einem Webhosting Server sollte grundsätzlich immer nur die Software laufen, die für den Webauftritt benötigt wird. Jedes weitere Programm, also auch das Control Panel, stellt eine potenzielle Sicherheitslücke dar. Zudem gehen viele Arbeiten mit der Shell schneller von der Hand, vor allem wenn es dabei um Dateioperationen geht. Das widerspricht zwar nicht der landläufigen Meinung, dass Klicken immer schneller geht, als das Tippen in einer Shell, ist aber trotzdem eine Tatsache. Mit der Kommandozeile lassen sich zahlreiche Aufgaben zusammenfassen, die in einem Control Panel einzeln ausgeführt werden müssten.

Weil beide Systeme ihre Vor- und Nachteile haben, muss am Ende jeder Administrator für sich entscheiden, welches System ihm am meisten bringt. Da jeder Webhosting Server mit einem Control Panel natürlich auch per Kommandozeile zu erreichen ist, kann auch einfach zu einer Kombination aus beiden gegriffen werden.